Attachée aux résolutions du Convent universel de Lausanne (1875), et conformément aux principes de la Franc-maçonnerie traditionnelle, la Grande Loge de France invoque le Grand Architecte de l'Univers.
La Déclaration de Principes à laquelle elle se réfère précise en effet : "La Franc-maçonnerie proclame, comme elle a toujours proclamé, l'existence d'un Principe Créateur, sous le nom de Grand Architecte de l'Univers."
C'est donc "à la Gloire du Grand Architecte de l'Univers" que les travaux sont ouverts et que les engagements sont pris par chaque Frère de la Grande Loge de France.
La Grande Loge de France est attachée au principe de la liberté absolue de conscience. Elle ne suscite et ne s'immisce dans aucune controverse touchant à des questions religieuses.
Ainsi, la foi en un dieu révélé, personnel et transcendant n'est ni critiquée ni imposée.
C'est à cette conception de la laïcité, respectueuse des convictions religieuses et spirituelles de chacun, que la Grande Loge de France invite ses membres. Se référant volontiers à la tradition déiste des Lumières, celle de Newton ou de Leibnitz, sa démarche n'est ni théiste ni athéiste, non plus qu'anticléricale. Tout au contraire, elle laisse chaque Frère libre de ses convictions et de sa pratique, tout en invitant chacun à respecter les convictions des autres. Elle considère en effet le respect d'autrui - dans la réciprocité - et la vertu de tolérance comme composantes essentielles d'un "vivre ensemble" harmonieux.